Исходный код класса Animal будет храниться в файле с расширением .java в папке, соответствующей пакету, в котором он определен. В данном случае, если класс Animal находится в пакете ru.animal, то исходный код класса будет храниться в файле с расширением .java в папке, соответствующей пакету ru.animal, например, в папке src/ru/animal.